第四季开局，纽约FBI分部遭遇内部爆炸，精英小队被迫重组，而新任女上司似乎带着不为人知的秘密任务。
第四季开场即为高能：一次针对FBI纽约办公室的精准爆炸，导致资深探员玛吉重伤，奥马尔牺牲。团队被解散，随后由来自华盛顿的心理学专家兼资深探员萨曼莎·雷耶斯接手重组。新团队由幸存的玛吉、技术天才伊恩、脾气火爆的斯凯勒以及从地方分局调来的新人斯特林组成。本季主线围绕爆炸案背后牵扯出的一个跨国私人军事公司展开，该公司正在渗透美国执法系统。而萨曼莎的真实身份是司法部派来调查FBI内部腐败的“清道夫”。随着调查深入，她发现爆炸案可能是自导自演的苦肉计，而最大嫌疑人，竟是躺在病床上无法说话的玛吉。每集仍保持一个独立案件（连环杀手、网络绑架、生物恐袭），但所有线索最终都指向那场爆炸。
《联邦调查局》第四季重回巅峰。开场爆炸戏直接封神，新老成员化学反应强烈。连续剧式的阴谋线比以往任何一季都抓人，最后一集的反转让观众重新审视前三季的所有情节。单元案件质量稳中有升，堪称美剧单元+连续模式的教科书。
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